Shogun izle Japonya'da 1600 yılında geçen hikayede Lord Yoshii Toranaga, yakınlardaki bir balıkçı köyünde gizemli bir Avrupa gemisi karaya oturduğunda, Naipler Konseyi'ndeki düşmanları ona karşı birleştiği için hayatı uğruna savaşmaktadır. James Clavell'in romanının özgün bir uyarlaması olan FX dizisi Shōgun, 1600 yılında, yüzyılı belirleyen bir iç savaşın şafağında Japonya'da geçer. Lord Yoshii Toranaga, Naipler Konseyi'ndeki düşmanları kendisine karşı birleşirken hayatı uğruna savaşmaktadır. Yakınlardaki bir balıkçı köyünde karaya oturmuş gizemli bir Avrupa gemisi bulunduğunda, geminin İngiliz dümencisi John Blackthorne, Toranaga'nın güç dengelerini değiştirmesine yardımcı olabilecek ve Blackthorne'un düşmanları olan Cizvit rahipleri ile Portekizli tüccarların güçlü nüfuzunu yerle bir edebilecek sırlar taşımaktadır. Toranaga ve Blackthorne'un kaderleri, gizemli bir Hristiyan asilzadesi ve itibarını yitirmiş bir soyun sonuncusu olan çevirmenleri Toda Mariko ile ayrılmaz bir şekilde bağlanır. Mariko, bu çalkantılı siyasi ortamda lorduna hizmet ederken, Blackthorne ile yeni keşfettiği arkadaşlığını, kendisini kurtaran inanca olan bağlılığını ve ölmüş babasına olan görevini bağdaştırmak zorundadır.